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真核生物配列/遺伝子情報

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系統樹作成

PHYLIP | Phylogenetic TreePlot Server | Tree Top | TreeGen | Pseq-Gen

遺伝子予測

ORF Finder| GeneDecoder | BCM gene finder | GENESCAN | GRAIL | Genie

スプライス部位予測

Splice Site Prediction | NetGene2

プロモータ部位予測

Neural Network Promoter Prediction | PROSCAN | McPromoter V3 | CorePromoter | PROMOTER SCAN U

プライマー設計・制限酵素地図作成

WebCutter | WWWtagc | Primer3

膜貫通領域予測

SOSUI | TMHMM | DAS | HMMTOP | PHDhtm | TopPred
MEMSAT | SPLIT | TSEG | TMpred | PRED-TMR | TMAP

局在・シグナルペプチド予測

PSORT | SignalP | TargetP | MITOP

タンパク質立体構造:データベース、構造分類・比較・予測

タンパク質立体構造・分類データベース

PDB | PDBJ | MMDB | SCOP | CATH | FSSP
HOMSTRAD | HSSP | ASTRAL | PDBsum

タンパク質立体構造選択

PDB-REPRDB | PDB_SELECT

類似立体構造検索・構造比較

VAST | Dali | MATRAS | CE
CL | DBAli | SARF2 | ProSup

ドメインデータベース

ProDom | BIRKBECKS'S PROTEIN DOMAIN DATABASE

局所構造・相互作用データベース

Protein3D | PROCAT | eF-site | Atlas of Protein Side-Chain Interactions
Database of Macromolecular Movements | ProTherm | ProNIT | Protein-DNA Recognition

二次構造予測

PSIPRED | PHDsec | PROF | GOR
NNPREDICT | NNSSP | PSA | New Joint

ホモロジーモデリング:Webサーバー系

3D-JIGSAW | CPHmodels | SWISS-MODEL | SDSC1 | FAMS | MaxSprout

ホモロジーモデリング:プログラム系

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MOE | QUANTA | SYBYL | SCWRL | WHAT IF

構造認識法

LIBRA | 3D-PSSM | FUGUE | GenTHREADER | 123D | TOPITS | CASP

非経験的手法

ROSETTA

構造評価

Verify3D | ERRAT | PROCHECK | ANOLEA | Biotech

立体構造可視化・解析・アノテーション

RasMol | Chime | Protein Explorer | Cn3D | WebLab Viewer
MPEx | MOLMOL | Molscript | Raster3D
GRASP | GRASS | JOY | TOPS | LIGPROT

DNA・RNA立体構造:データベース、構造予測

DNA・RNA立体構造データベース

NDB

RNA二次構造予測

Mfold | Vienna RNA Package | RNA secondary structure prediction

タンパク質の種類に特化したデータベース

Enzime Structures Database | GRCRDB | SEVENS | Nuclear Receptors | Mitochondrial Proteins | HIV Molecular Immunology Database
Homeobox Proteins | Cytochrome P450 | Transport Proteins | Metallothionein
Protein Kinase | Ligand-Gated Ion Channel | Ion Channel | Kabat Database | MHCPEP | Olfactory Receptor Database

パスウェイ、ネットワーク、シミュレーション

パスウェイ

KEGG PATHWAY | WIT | ARM | EMP | UM-BBD | EcoCyc
SoyBase | Metalgen | Biochemical Pathways | UBMB-Nicholson Minimaps | CSNDB | Yeast Pathways in MIPs
Interactive Fly | GeNet | HOX-Pro | Wnt Signaling Pathway | LIGAND

タンパク質−タンパク質相互作用

BRITE | DIP | BIND

バイオシミュレーション

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Gepasi | MIST | SCAMP | Virtual Cell | NEURON

プロテオミクス、発現プロファイル

二次元電気泳動解析

SWISS-2DPAGE | WORLD-2DPAGE | Pika2 | YPM | Cyano2Dbase
2-D PAGE Databese | Sub2D | 2D-PAGE Aberdeen | Maize 2D db | HSC-2DPAGE

発現プロファイル

KEGG EXPRESSION | Axeldb | NEXTDB | MAGEST | Stanford Microarray Detabese | READ

ゲノムアノテーションデータベース

配列解析・比較ゲノム

GeneQuiz | PEDANT | KEGG GENES | FANTOM | COG

立体構造帰属・構造予測

Genius | GTOP | FAMSBASE | MODBASE

リンク集

分子生物学研究用ツール集 | 研究用ツール | 医学研究用データベース | PubMed日本語検索
医学文献検索 | Door to Medicine | HUM-MOLGEN | 遺伝子実験プロトコル集

雑誌

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cell | AJHG | science | The Journal of Biological Chemistry
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学会

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日本分子生物学会 | 日本生物物理学会 | 日本薬学会 | 情報計算化学生物学会
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ヒューマンインターフェース学会 | バイオメカニズム学 | 日本バイオメカニクス学会 | 日本ソフトウェア科学会
応用物理学会 | 高分子学会 | 日本遺伝学会 | 日本神経化学会
日本化学会 | 日本工学会 | 日本植物生理学会 | 日本神経科学学会 | 日本薬理学会
日本時間生物学会 | 日本進化学会 | 日本生化学会 | 日本生物工学会
日本生理学会 | 日本動物学会 | 日本バイオマテリアル学会 | 日本光生物学協会
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出版社

羊土社 | メディカルサイエンスインターナショナル | 南江堂 | 共立出版
秀潤社 | シュプリンガーフェアラーク | nap | 岩波書店 | サイエンス社
中山書店 | 東京化学同人 | 裳華房 | オーム社 | 日本実業出版社
アスキー | 医学書院 | 講談社 | 小学館 | ソフトバンク | 日経BP

文献情報、その他

PubMed | NACSIS Webcat | ScienceDirect | JOIS
EMBASE | Web-OPAC | Online Life Science Dictionary