結晶構造用のソフト

• September 1, 2008

VESTAのインストール
UNIXで使える結晶構造表示ソフトはいくつかあるが、見栄えや使い勝手の面で良いものは少ない。最近ときどき使っているもので比較的よいのがVESTAであるが、debianでのインストールがあまりうまくいっていなかった。 amd64版では、

sudo ln -s /usr/lib/libtiff.so.4 /usr/lib/libtiff.so.3

とするだけで動いたが、686版ではなぜかうまく動かなかった。libstdc++.so.5が必要らしいので、

sudo aptitude install libstdc++5

として、64版と同様にlibtiffのリンクを作っても、動きそうで動かない。さらに、2008/7/11版では、permissionがうまく設定されていないので、goでの許可をした方が良いだろう。実行すると、

*** glibc detected *** free(): invalid pointer: 0 ***

で終了する。いろいろといじっていて、発見したのが、sudoで実行すると、動くということだ。super userで実行するのは、非常に気持ち悪いのだが、実用上はなんとかなるかも知れない。間違って、システムにセーブしたりしないようにしないといけないだろうが。これは、libstdc++5の問題なのか、VESTAの問題なのか、少し調べてみたが分からなかった。まあ、次のマシンはamd64にするつもりなので、気にしないことにしよう。