ClustalWの使い方
1.
このサイトはDDBJサイトから提供されている。アライメントと系統樹作製が可能である。アライメントも系統樹もどちらも高速に作製するが、どちらも適当なViewerが無いと解析結果を閲覧できない。アライメントはGENEDOC、系統樹はTREEVIEWが必要となるのでこれらをダウンロードし、インストールする。
2.
系統樹を書きたいDNAまたはアミノ酸配列をFASTA形式にする。FASTA形式とは>のあとに名前と配列があるファイルのことで、>は先頭を認識させるための記号となっている。>より30文字を出力するので30文字が一致するファイルが二つ以上あるとエラーがでるので、同一にならないように名前を入れること。細かい説明はDDBJ内にあるので参照のこと。また、GENEDOCも複雑な解析が可能である。場合に応じてマニュアルを参照すること。
(例)
>geneA
ATCGATCGATGATAG
>geneB
ATGCGAGCGTCAAG
のように。
3.
TYPEをDNAかPROTEINか選ぶ。
4.
FASTA形式のデータを入力する。
5.
OUTPUTをgcgファイルに指定する。GENEDOCで閲覧可能となる。このチェックを忘れないこと。
6.
入力内容の送信で解析が始まる。
7.
しばらくすると結果が返ってくる。