ClustalWの使い方

 

1.         このサイトはDDBJサイトから提供されている。アライメントと系統樹作製が可能である。アライメントも系統樹もどちらも高速に作製するが、どちらも適当なViewerが無いと解析結果を閲覧できない。アライメントはGENEDOC、系統樹はTREEVIEWが必要となるのでこれらをダウンロードし、インストールする。

2.         系統樹を書きたいDNAまたはアミノ酸配列をFASTA形式にする。FASTA形式とは>のあとに名前と配列があるファイルのことで、>は先頭を認識させるための記号となっている。>より30文字を出力するので30文字が一致するファイルが二つ以上あるとエラーがでるので、同一にならないように名前を入れること。細かい説明はDDBJ内にあるので参照のこと。また、GENEDOCも複雑な解析が可能である。場合に応じてマニュアルを参照すること。

(例)

>geneA

ATCGATCGATGATAG

>geneB

ATGCGAGCGTCAAG

のように。

3.         TYPEDNAPROTEINか選ぶ。

4.         FASTA形式のデータを入力する。

5.         OUTPUTgcgファイルに指定する。GENEDOCで閲覧可能となる。このチェックを忘れないこと。

6.         入力内容の送信で解析が始まる。

7.         しばらくすると結果が返ってくる。