NCBIを用いた相同性検索

○相同性検索に用いるサイト

「NCBI　BLAST　N」　・・・　DNA配列のホモロジー検索サイト(N:nucleotide)

「NCBI　BLAST　P」　・・・　タンパク質(アミノ酸配列)のホモロジー検索サイト(P:protein)

1. NCBIの『Nucleotide』、『Protein』から、アミノ酸配列または塩基配列情報を取ってくる。

2. “Enter accession number, gi, or FASTA sequence”の下のスペースに配列情報をペーストし、BLASTボタンを押す。(このときいくつか選択肢を選んでおくことで様々な条件を指定することが出来る。)

3. 結果が表示される。(結果が表示される前に、特定のドメインを含んでいた時などに、そのドメインに関するインフォメーションが表示されることがある。)

<結果の見方>

赤　　→　非常に似ている部分

ピンク→共通のドメイン

黒　　→　似ていない部分

○その他の相同性検索サイト

　・「DDBJ」　・・・　遺伝研のホモロジー検索サイト

　・「KOME」内の“similarity search”　・・・　イネの相同性検索